【好文共赏】不同采集方法对婴儿粪便肠道菌群鉴定的影响

Title: 《Collection of non-meconium stool on fecal occult blood cards is an effective method for fecal microbiota studies in infants》 Microbiome, 2017

研究目标：（1）粪便潜血检测卡能否替代常规采样方法？

                    （2）不同的采样装置、保存温度和保存时间对肠道菌群鉴定的影响

研究对象：8名儿童的粪便样本，采用不同采样装置重复采样，分别在不同温度保存不同时间后提取DNA。

采样装置： 粪便潜血检测卡（FOBT） vs Eppendorf管

保存温度：常温 vs 零下80度

保存时间：0-2天 vs 3-5天 vs 7天

核酸提取方法：手工法（Qiagen Qiamp DNA stool mini kit） vs 自动法（Qiagen，Valencia，CA）

取样情况详见下表

结果一：

不同的保存方法各指标间具有显著的差异（粪便潜血检测卡FOBT vs Eppendorf管）

结果二： 

不同保存条件对肠道菌群的影响主要表现在特定菌属的丰度变化。

在婴儿胎粪和粪便中厚壁菌门（Firmicutes）和变形菌门（Proteobacteria）都占主要部分（86%~99%）。相比于保存于tb管中的样本，保存在检测卡中的粪便样本中厚壁菌门发生了显著的升高，而变形菌门发生了显著的降低。此外，在不同的保存容器中，嗜血杆菌属的丰度也有显著差别。

微微碎碎念：有些失望的结果。作为检测卡，FOBT体积小，易保存，取样量少，实在是很值得期待的临床应用取样容器。不过这结果说真的，也是意料之中了。再次证实了，保存时间、保存温度、保存装置都对微生态菌群结构具有影响！ 研究过程中需小心，小心，再小心！